Niels blev gift med Bolette Kirstine Barclay 2 jun. 1838, Ellidshøj Kirke, Aalborg Amt. Bolette (datter af Christopher Magnus Barclay og Kirstine Berg) blev født 21 nov. 1815, Vor Frue Sogn København, Københavns Amt; døde 14 aug. 1897, Ljørslev Præstegård, Morsø Sønder Herred, Thisted Amt; blev begravet 22 aug. 1897, Svenstrup Kirkegård, Aalborg Amt. [Gruppeskema]

1. Emma Henriette Estrup blev født ca. 1840.
2. Adolphine Margrethe Estrup blev født 9 mar. 1841, Solberg Sogn, Hellum Herred, Aalborg Amt; døde 28 jan. 1894, Estrup Øster Hornum Sogn, Aalborg Amt; blev begravet 4 feb. 1894, Øster Hornum Kirkegård, Aalborg Amt.
3. Nielsine Marie Estrup blev født 3 sep. 1843, Solbjerg Sogn, Hellum Herred, Aalborg Amt; døde 21 feb. 1911, Ulvedal, Blenstrup sogn, Aalborg Amt; blev begravet 1 mar. 1911, Blenstrup Kirkegård, Aalborg Amt.
4. Niels Nielsen Estrup blev født 9 feb. 1845, Solbjerg Sogn, Hellum Herred, Aalborg Amt.
5. Georg Peter Estrup blev født 28 maj 1847, Svenstrup Sogn, Års Herred, Aalborg Amt.
6. Victor Andreas Estrup blev født 16 aug. 1849, Svenstrup Sogn, Års Herred, Aalborg Amt; døde 27 mar. 1916, Svenstrup Sogn, Års Herred, Aalborg Amt; blev begravet 2 apr. 1916, Svenstrup Kirkegård, Aalborg Amt.
7. Peder Algren Estrup blev født 12 okt. 1851, Svenstrup Sogn, Års Herred, Aalborg Amt; døde 7 nov. 1918, Vejgård Nørre Tranders sogn, Aalborg Amt,; blev begravet 12 nov. 1918, Vejgård Kirkegård, Aalborg Amt.
8. Poul Poulsen Estrup blev født 15 sep. 1853, Svenstrup Sogn, Års Herred, Aalborg Amt.
9. Emma Henriette Estrup blev født 10 mar. 1857, Øster Hornum Sogn, Hornum Herred, Aalborg Amt.
10. Julius Benedict Estrup blev født 5 sep. 1861, Svenstrup Sogn, Års Herred, Aalborg Amt; døde 8 jan. 1930, Strandby Sogn, Gissum Herred, Aalborg Amt; blev begravet 14 jan. 1930, Strandby Kirkegård, Aalborg Amt.

Niels blev gift med Maren Christensdatter 20 okt. 1811, Blære Kirke, Aalborg Amt. Maren (datter af Christen Jensen) blev født 1782, Øster Hornum Sogn, Hornum Herred, Aalborg Amt; døde 14 mar. 1853, Øster Hornum Sogn, Hornum Herred, Aalborg Amt; blev begravet 30 mar. 1853, Øster Hornum Kirkegård, Aalborg Amt. [Gruppeskema]